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リーゾでお手伝いしたご研究が論文になりました！
研究者のお客様から、うれしいご報告をいただきました。
玄米色を制御する（黒米になる）遺伝子に関するご研究で、タイトルは
”The birth of a black rice gene and its local spread by introgression”。
The Plant Cellという雑誌（かなりの難関！）にアクセプトされたそうです。
なお、リーゾは、
＜アレル特異的プライマーの設計＞ を、
お手伝いさせていただきました。
（マテメソにサービス名SNPｓ-ici!と会社名を入れていただきました）。
カスタムプライマー作成サービス「すにっぷすいすい」のご案内はこちらです。
メニューにないご依頼は、個別にお見積してお引き受けしております。
「こんなことはやれる？」と、お気軽にお問合せください。
リーゾでお手伝いしたご研究が論文になりました！
多種類の水生生物がいる環境からeDNAを抽出し、
特定の生物種が存在しているかどうかを検出する方法を開発したご研究です。
”Preliminary Experiment for Detection Method of Fish Inhabiting Agricultural Drainage Canals Using Environmental DNA”
(農業農村工学会論文集 Vol. 83 (2015) No. 3 p. IV_7-IV_8 )
リンク先からダウンロードできます
なお、リーゾは、
＜生物種特異的で、かつ種内変異を拾わないプライマーの設計＞
を、お手伝いさせていただきました。
（マテメソに会社名を入れていただいてます）。
カスタムプライマー作成サービス「すにっぷすいすい」のご案内はこちらです。
メニューにないご依頼は、個別にお見積してお引き受けしております。
「こんなことはやれる？」と、お気軽にお問合せください。
お客様よりうれしいお知らせをいただきました。
イネの登熟期の胚乳からのRNA抽出でお困りとのことで、
「RNAすいすい-S」をお勧めし、採用していただきました。
そしてそのご研究がついに論文として受理されたとのこと！
ご研究のお役に立てること自体もうれしいですが、
自社製品名が学術論文の中に登場するというのはまた格別・・・。
掲載された論文はこちらのURLからお読みいただけます。
http://www.plosone.org/
こんなことがあると、スタッフ一同、ますます元気になっちゃいます。
研究者の皆様、リーゾ製品の名前が論文に載る際にはぜひご一報くださいませ！
RNAすいすい-Sの製品サイトはこちらです。
あるお客様から、
『「RNAすいすい-S」を使っているのだけれど、
イネ種子からは取れるのに、ソバ種子からは取れない・・・』
というご相談をいただきました。
ソバ種子は未経験でしたが、「ルチン」というポリフェノールが多く含まれているので、
おそらくこのせいで、抽出過程で分解されているのではないかと考えました。
RNAすいすい-Sは、澱粉には対応していますが、ポリフェノールには対応していません。
そこで、ポリフェノールに対応していて、かつ澱粉が多くても大丈夫な組成の、
「RNAすいすい-R」をお勧めし、試供品をお送りしました。
お客様がさっそく試されたところ、
『２８Sと１８SのrRNAのバンドが綺麗に見えました』
と、喜んでいただけました。
RNAすいすい-Rで抽出しただけだと、精製度がいまひとつ・・・
と言う場合には、市販の単品売りカラムや、
キ○ゲンキットの余りカラムなどで精製するときれいになります。
ついでに、オンカラムでのDNase処理もやれちゃいます。
（オンカラムでのDNase処理については、こちらの記事をご参考に・・・）
うれしいお知らせ、ありがとうございました！
RNAすいすい-Rの詳細はこちらです。
先日、ある研究者のお客さまから、
「RNAすいすい-Fで、シアノバクテリアからRNAが取れました」
とのお知らせをいただきました。
なんでも、既存のキットでは抽出が難しい種類のシアノバクテリアだったとか。
DNAが「DNAすいすい-F」で取れたので、
もしやと思ってRNAすいすい-Fを試してくださり、大成功！
＜手順＞
氷冷した乳鉢に菌体を投入
↓
氷冷したRNAすいすい-F（メルカプトエタノール添加）を投入
↓
乳棒でよくすり潰す
↓
添付の酸性フェノールを添加．以下，マニュアル通り．
↓
DNase I 処理
（0.2 unit/uL，37℃，30分）
↓
スピンカラム精製（DNase I 除去）
うれしいお知らせ、ありがとうございました！
※抽出の結果を示す電気泳動写真もいただいております。
ブログ掲載はできないのですが、個別にお見せすることはできます。
ご希望の方はリーゾまでお知らせください。
RNAすいすい-Fのご案内はこちらです。
http://www.rizo.co.jp/RNA-F.html
（金魚の体表粘膜だけでなく、微生物にも使えます）
両生類のご研究に、「DNAすいすい-F」をご利用いただいております、
広島大学大学院理学研究科付属両生類研究施設の井川武先生より、
うれしいコメントをいただきましたので、ご紹介させていただきます。
『我々のグループでは、DNAすいすい-Fを両生類の組織、
特に足指からのDNA抽出に使用しておりますが、
収率も質も高く非常に重宝しております。
以前は他社の、カラムを使ったDNA抽出キットを使っていたのですが、
それらよりもDNAのフラグメント化の少ない状態の良いゲノム DNAが抽出できています。
価格が安いのも、とてもありがたいです。
特に、最近ではDNAすいすい-Fで抽出したゲノムDNAを、
次世代シークエンサー（Ion PGM）での配列解読に使用したのですが、
以前よりもリード長が長いデータが得られ、好成績をあげています。
また、我々は研究材料として絶滅危惧種を使うことから、
個体を傷つけない口蓋粘膜のスワブサンプルも試していますが、
こちらも問題なく抽出できています。』
カラムを通すキットはとても便利ですが、
DNAがフラグメント（断片）化しやすいという問題があるのですね・・・。
次世代シーケンサーでの解析にも有利な状態のDNAが取れるとは、
思いがけず、うれしい事実をお知らせいただきました。
両生類のご研究を始め、
魚類、動物、微生物などいろいろな材料のDNA抽出にお役に立っている、
「DNAすいすい-F」の詳細はこちらをご覧ください。
http://www.rizo.co.jp/DNA-F.html
あるお客様から、
「寒天培地上で培養した糸状菌からのDNA抽出をしたい」
「PCR産物をEXOSAP-ITで処理後にシーケンスをしたい」
というご相談をいただきました。
またまた難しいお題ですが・・・。
糸状菌ならたぶん、放線菌・枯草菌・乳酸菌などを解決してきた、
DNAすいすい-Fでいけるはず・・・。
寒天が混入していても、おそらく問題にはならないのではないか？
と思い、DNAすいすい-Fの試供品をお送りしました。
（ちなみにEXOSAP-IT処理とは、PCR産物をシーケンス反応にかける前に、
余剰のプライマーとフリーのヌクレオチドを不活性化する処理です）
それからしばらくして、お客様からうれしいお知らせが！
『 DNAすいすい－Fで菌体からDNAを抽出し、
PCRをした結果、とても良い結果が得られました。
供試菌はPDA上で生育させ、
その含菌寒天を用いました。
１サンプルに100μｌを使用しました。
コストパフォーマンスはとても良いと思います。
なお、含菌寒天はビニール袋に入れ、
金槌で軽くたたいて菌糸をつぶしたものを使用しました。』
お使いの菌種は、
Colletotrichum actatam
Colletotrichum gloeosporioides
だそうです。
良い結果が得られたとお聞きして、ほっとしました。
お知らせをいただき、ありがとうございました！
DNAすいすい-FでDNAが取れたということは、
同系列の組成を持つ「RNAすいすい-P」か、「RNAすいすい-F」で、
RNA抽出もできそうです。
DNAすいすい-F、偉い！
（いまだに「魚類体表粘膜用」と書いたままで、ごめんなさい・・・。）
なかなか使える「DNAすいすい-F」の詳細はこちらです。
http://www.rizo.co.jp/DNA-F.html
ほかにもいろいろな核酸抽出試薬があります。
リーゾのHPはこちらです。
日本大学文理学部の澤田博司先生より、
「ラン藻のＤＮＡ抽出で困っていたが、ＤＮＡすいすい-Fで解決できた」
とのうれしいお知らせをいただきました！
材料は、赤いラン藻（Synechococcus sp. CCMP1334）。
湿重量37ｍｇにＤＮＡすいすい-Fを加えて30分保温（3分おきにボルテックス）。
以降はプロトコル通りで抽出されたそうです。
その結果、260／280比＝１．７のＤＮＡが25μｇ（吸光度からの計算値）得られました。
１μｇ分の電気泳動の結果はこちら。
（澤田先生のご了解を得て掲載させていただきます）
『低分子にもバンドが認められますが、目的のほぼ無傷と思われるＤＮＡのバンドが
かなり濃く認められました。
これは、以前Ｔ社のキットでほぼ同量の材料から抽出したときに比べ、
高分子のバンドの量が格段に多く（２桁以上違います）なっていますし、
高分子のバンドもＴ社キットでは１０ｋｂに来るのですが、
今回はそれよりかなり高分子になっています。』
とのコメントです。
澤田先生のご専門は昆虫ですが、
今回は他の研究者さんからラン藻ＤＮＡ抽出のご相談を受け、お悩みだったとのこと。
お役に立てて、良かったです！
澤田先生、ありがとうございました。
ＤＮＡすいすい-Fは、魚の体表粘膜がそもそもの対象だったのですが、
動物細胞、
微生物（枯草菌の芽胞、ラン藻、ヨーグルト種など）、
唾液
・・・など、いろいろなものに使えることが分かっています。
それぞれ、お勧めのプロトコル（ちょっとした変更点）がありますので、
上記の材料についてお困りの際にはぜひ一度ご相談ください。
ＤＮＡすいすい-Fのサイトはこちらです（リーゾＨＰ内）
http://www.rizo.co.jp/DNA-F.html
福岡県農業総合試験場 果樹部にご所属の白石美樹夫さまより、
「ＤＮＡすいすい-Pで、ブドウの葉からきれいなＤＮＡが抽出できた」
とのご報告をいただきました！
実験の目的は、ブドウ育種実生の早期選抜用のＰＣＲ分析、とのことです。
さらに、ナス科植物の葉ではフェノクロ処理なしでＯＫということから、
フェノクロなしでの抽出も試してくださいました。
（フェノクロは毒劇物なので、パートさんには頼みにくいのです）
その結果、某Ｑ社のスピンカラムでの抽出と同等の結果が得られたそうです！！
マイクロチップ電気泳動の図を送ってくださいました（許可をいただいて掲載）。
いちばん左がＱ社のカラムで抽出したＤＮＡを鋳型にしたもの。
2番目以降が、いろいろなブドウ品種の若葉から、ＤＮＡすいすい-Pで、
フェノクロ省略で抽出したＤＮＡを鋳型に用いたものだそうです。
ちゃんと増えてますねえ～！！
260/280比も1.7～1.8のレベルで、簡単なPCR分析なら支障ないということで、
本格的なスクリーニングにご採用いただけました。
すいすい通信11月号で読者限定でご提供している、
「ＤＮＡすいすい-P・大容量版」（1250回分、70,000円）*を使えば、
1回あたりのコストはわずか56円。
これなら、かなり大規模なスクリーニングでも安心して取り組んでいただけます。
白石さま、うれしいお知らせをいただき、ありがとうございました！
*このページを発見してくださった方なら、すいすい通信読者でなくてもＯＫですよ！
「型番：DS-0002B」でご注文ください。
ＤＮＡすいすい-Pのご案内はこちらです。
http://www.rizo.co.jp/DNA-P.html
静岡大学 技術部情報支援部門 大橋和義先生より、
うれしいお知らせをいただきました！
『このたび、地元の中学校からのDNA実験の依頼があり、
簡単に、DNAを見られないかという要望だったので
「これは、リーゾさんのDNAすいすいの出番だ！」ということで使わせていただきました。
予備実験でいろいろと試したところ、
コメを炊く際に入れる「オシムギ」を使うと良いことが分かりました。
以下簡単に手順
1.オシムギ1粒をアルミホイルで包みラジオペンチなどで潰す
（薄く広がるだけで粉末にはなりませんでした、小片にしました）
2.1.5mlチューブに潰したムギを入れる
3.DNAすいすいを200μl入れ、ボルテックス（約1分）
4.10000rpm，3分で遠心
5.上清を100μl取り、同量のイソプロパノールを入れる。
6.チューブをタッピングして混ぜる。
という簡単な操作で、中学生のほぼ全員がDNAを目で見ることができました。
過去に何回か同様の出張実験をしてきましたが、
タマネギやブロッコリーを使用してきました。
今回初めて、ムギ1粒から抽出実験をしたのですが
少量でかつ簡単に抽出できるのは学校の先生たちも驚いていました。
来週からは、大学3年生対象の遺伝子実験も始まります。
そこでも、使用させていただきます。
当初の予定通り、9月のダヴィンチキッズサイエンスでももちろん使用予定です。』
（＊太字はリーゾでつけさせていただきました）
この模様は、静岡新聞にも掲載されたそうですよ！
http://kouhou.hamazo.tv/e3242566.html
（DNA抽出実験の特別授業を行った、「浜松日体中学校」のブログにリンクさせていただいています）
「ダヴィンチキッズサイエンス」では、なんと小学生が、
すいすいシリーズでDNA抽出に挑戦してくれるそうです。
小学生からプロの研究者まで使っていただけるなんて、
「DNAすいすい-S」は幸せな製品です。
大橋先生、ありがとうございました！
DNAすいすい-Sのご案内はこちらです。
http://www.rizo.co.jp/DNA-S.html
リーゾのHPはこちらです。
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