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2014年2月 5日 (水)

すいすい通信vol.34 2014年1月号

リーゾの研究者向けメールマガジン「すいすい通信」のバックナンバーです。

(最新号を配信後、前回号をバックナンバーとしてアップしております)

   ☆  すいすい通信  ☆ vol.34 2014年1月8日配信  

あけましておめでとうございます。
新しい年が皆様にとって輝かしい1年となりますことを、心より祈念いたしま
す。リーゾも微力ながら、今年も全力でお手伝いさせていただきます。

それでは、平成26年最初の「すいすい通信」をお届けします!

_/_/_/_/ I N D E X _/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_/_ /_/_/

 ・特集・・・・・・・・・・・・・・秘伝?「すにっぷすいすい」の作り方
 ・コーヒーブレイク・・・・・・・・・・・・ビジネスの中の「デザイン」
 ・りかじっけんレポート・・・・・・・・・・・5年「ふりこのはたらき」
 ・リーゾからのお知らせ
 ・編集後記 

■ 特 集  ━━━━━━━━━━━━━━━━━・・・・・‥‥‥………

秘伝?「すにっぷすいすい」の作り方

リーゾの人気サービス「すにっぷすいすい」(アレル特異的PCRマーカー)は、
どうやって作っているのでしょうか?
今回は、企業秘密を、大サービスで公開します!

(注:この記事はかなりマニアックで専門用語が頻出します。専門外の方には
極めてつまらないと思いますので、よろしければ飛ばしてください)

DNA塩基配列上のわずかな違い(一塩基多型、SNPs、スニップス)について、
塩基種を判定する方法にはいろいろありますが、その中でおそらく最も低コス
トで簡便な方法は「アレル特異的PCR法」です。

「アレル特異的PCR法」は、SNP部位を3’末端にしたPCRプライマーを設計・合
成して、PCRと電気泳動を行い、「増える・増えない」で判定するというシン
プルな方法です。
オリゴ合成も通常品でいいですし、ポリメラーゼも安価なもので十分(むしろ
安価なものの方が向いている)、専用機器の導入も不要、と、初期費用・ラン
ニングコストともに低く抑えられるというメリットがあります。
  
では、その作り方を解説します。

まず、アレル特異的プライマーの設計です。
使うのは、おなじみの「Primer3」。
上流側プライマーとして、3’末端の位置にSNPを持つプライマーを指定して、
下流側プライマーを選ばせます。増幅断片長やTm値はデフォルト値、あるいは
お好みで変えます。上流側プライマーのTm値が合わない場合は、3’末端の位
置はそのままで、長さで調整します。

よさそうなプライマーが選べたら、上流側プライマーに「ミスマッチ」を導入
します。3’末端から数えて3塩基目を、別の塩基に変えます(セオリーでは、
A⇔C、G⇔Tなので、まずはそれで)。

識別したい2種類の塩基それぞれについて上流側プライマーを設計し、合計3本
のプライマーを合成(外注)します。

場合によっては、正方向を諦めて、下流プライマーの3’末端にSNPを持って
きて逆方向で設計することもあります。例えば、GC含量が高すぎる(低すぎる)
場合などです。
下流プライマーの設計には同じくおなじみの「OligoAnalyzer」などを使って
相補配列を出します。

プライマーが納品されたら、いよいよPCRです。
アニーリング温度を振ることでうまくいく条件を見つけやすくなるので、「グ
ラジエントPCR」を行います。グラジエント機能は多くのPCR機器についてます
が、ついてない場合には温度を変えて何度か試すことで代用できます。

ここで、広い温度帯で特異性(増える・増えない)が出れば問題ありません。
一番よさそうなところで条件を決めて、タイピングに使います。
うまく行かない場合には、症状を見て対策を考えます。

よくある症状1)どちらのDNAも全く増幅していない
→下流側の位置を変えるか、逆向きで再設計します。

よくある症状2)きれいに増えているが特異性がいまひとつ
→ミスマッチの塩基種を変えます。

よくある症状3)高い温度帯まで増えていて特異性が低い
→「増えすぎ」と考え、プライマーを1塩基ずつ短くします。場合によっては、
ミスマッチの塩基種も変えます。

よくある症状4)低い温度帯でも増幅が弱い
→弱くても特異性が十分にあるようなら、そのままプライマーを1塩基ずつ長
くします。特異性が低い場合はミスマッチの変更も加えます。
特異性があり、増幅が弱い場合には、サイクル数を増やすことで解決すること
もできます。

よくある症状5)目的のサイズのバンドはOKだが、他のサイズに余計なバンド
がある
→下流側のプライマーの位置を変えることで解決する場合があります。タイピ
ングに支障はないので、そのまま使うことも可能です。

これらの対策の結果、特異性と増幅性を兼ね備えたプライマーと反応条件を確
立できたら完成となります。

次に、アレル特異的PCRによるSNPタイピング成功のポイントです。

アレル特異的PCRはシンプルな方法だけに、注意すべきポイントがいくつかあ
ります。特異性がうまく出ない際には、多くの場合、下記について検討するこ
とで解決します。

ポイント1)酵素は安いものを選ぶ
特異性が出ないケースでは、某大手メーカーの高機能Taqをお使いの場合が多
いです。高機能の酵素は、アレル特異的PCRには向きません。安いポリメラー
ゼを使ってください。
(リーゾでは、AgilentのPaq5000をお勧めしています)

ポイント2)DNAのコンタミに細心の注意を払う
通常のPCRでは問題にならないレベルのコンタミで、特異性が消えてしまいます。

ポイント3)DNAを入れすぎない
できれば定量して、一定量を入れるのが理想ですが、多数のサンプルをタイピ
ングする場合にはそうも行かないでしょうから、できるだけ同じ濃度で取れる
ように抽出系を工夫して、少なめに加えるようにするのがコツです。

ポイント4)サイクル数を減らす
使用する機器が変わると(同じ機種でも)微妙に条件が変わることがあります。
酵素のロットによっても違ってくるので、症状を見て微調整します。

ポイント5)アニーリング温度を上げる
同上です。

上級レベルになりますが、うまく設計すれば、ポジティブコントロール(必ず
増えるバンド)を入れたり、2箇所以上のSNPを同時にタイピングするマルチ
プレックスPCR系を組むことも可能です。

また、SYBR GreenIを混ぜてPCRし、リアルタイムPCR機でpostreadすることで、
電気泳動なしでタイピングすることもできます(増幅が数値化されるので、エ
クセル等で半自動でタイピング結果を出せてすごく便利!です)。

いかがですか?
「アレル特異的PCR」を身近に感じていただけたでしょうか。
商売としては、「すにっぷすいすい」を頼んじゃうのがお勧めですよ!と言う
べきところなのですが、とりあえず自力でがんばってみるのもありです。PCR
に関るいろいろなことについて深く理解する必要があるので、学生さんにとっ
ては良い勉強にもなります。

問題は、うまく行かないときです。対策の選択肢が多すぎて泥沼にはまり、長
期戦になった挙句にギブアップ、というもったいない(人件費、消耗品費、時
間、労力・・・)ケースも多いですから、そういうときにはもちろん、リーゾ
にお任せくださいね!

Primer3のサイトはこちら
http://primer3.ut.ee/

OlygoAnalyzerのサイトはこちら
https://sg.idtdna.com/analyzer/applications/oligoanalyzer/

「すにっぷすいすい」のご案内はこちら
http://www.rizo.co.jp/SNPs-ici.html

■ コ ー ヒ ー ブ レ イ ク ━━━━━━・・・・・‥‥‥………
  
ビジネスの中の「デザイン」

今からちょうど1年ほど前に、リーゾのホームページをリニューアルしました。
とはいえ、外注するほどお金がないので、コンテンツマネジメントシステムを
レンタルしての手作りです。
それでも、リニューアルの効果は絶大で、新規のお客様からの問い合わせが、
10倍以上に増えたのにびっくりしました。まるで優秀な営業マンみたいです。

会社自体は何も変わっていないのに、ホームページが変わった(研究系の会社
らしい清潔感と信頼感のあるデザインにしたこと、必要な情報にアクセスしや
すくしたこと)だけで、「問い合わせてみよう」という気持ちにさせる効果が
あることを実感。
「見た目」「デザイン」が、ビジネスに与える影響の大きさを改めて認識しま
した。
  
・・・とはいえ、こんなことは常識で、私が気づくのが遅かっただけです。
「ビジネスの成功にはデザインが大きく寄与することができる」
ということは、紛れもない真理のようで、かつて読んだ本『ビジネスの成功は
デザインだ』(神田昌典、湯山玲子著、マガジンハウス)にも論じられていま
した。

ところが面白いことに、この本ではいきなりブランド重視の姿勢を否定してい
て、ビジネスを始めるときに、かっこいいウェブサイトやロゴ、名刺なんぞに
お金を使うのは大間違いだ!と言うんですね。
 
それはなぜなのか?と言いますと・・・
ビジネスの大原則は「出て行くお金より、入ってくるお金を多くする」こと。
ビジネスにおいて、お金は血液。
たくさんでなくてもいいから、健康に流れていないと死んじゃうのです。
つまりは、ブランドは事業の「洋服」。それより「身体」を大事にせよと。

それではデザインの話はどうなっちゃうのか?といいますと、「身体」と、
「お客様」を大切にしながら、丁寧にビジネスを行って、だんだんとファンが
増えてくると、ファン同士のコミュニティができ、その目印として「ロゴ」が
欲しくなってくる。
つまり、ビジネスが健康に育って初めて、デザインの出番が出てくるというわ
けです。

読んだ当時は「じゃあまだまだだ~」と思っていたのですが、リーゾもそろそ
ろデザインを意識する資格ができてきたかもしれないなあ、と思い始めていま
す(まだかな?)。

デザインと言えば・・・
リーゾのお米を製品化するにあたり、パッケージデザインをどうしよう?と考
えていたところ、たまたま「クラウドソーシング」の存在を知り、プロのデザ
イナーさんに、素敵なパッケージデザインを格安で作ってもらうことができた、
という経緯がありました。
(このデザイナーさんがNHK「あさイチ」で取り上げられ、リーゾのパッケージ
デザインもついでにちらりと全国放送される、という幸運なおまけもありまし
た)

さらに、お米の包み方にも一工夫して、おにぎりをイメージした「テトラパッ
ク」にしてみたところ、「かわいい!」と好評。友達へのプチお歳暮に、とた
くさん買ってくださるお客様もいました。
ただ、少しずつ使う人には「輪ゴムで封をしにくい!」という声もいただいて
います。デザインだけでもハードルが高いのに、『デザイン性と実用性の両立』
となると、ますます難しいものです。
  
『ビジネスの成功はデザインだ』(神田昌典、湯山玲子著、マガジンハウス)
については、リーゾのオフィシャルブログにご紹介記事があります。

http://rizo-inc.cocolog-nifty.com/blog/2011/09/post-266f.html

「あさイチ」に映った件については、前号でも書いたのでしつこいようですが
『コシヒカリつくば黒1号』のページ内「マスコミ掲載等」のところに証拠写
真?があります。

http://www.rizo.co.jp/ktk1.html

今回パッケージデザインで利用したクラウドソーシングサービスのサイトはこ
ちら。

http://crowdworks.jp/
 

■ り か じ っ け ん レ ポ ー ト ━━━━・・・・・‥‥‥…

小学校の理科実験に詳しいリーゾスタッフに聴くシリーズ。今回は、5年生の
「ふりこのはたらき」の実験についてレポートします。

さっそくですが、いわゆる「振り子」が一往復するのにかかる時間は、何で決
まるのか、覚えていますか?

5年生に、自由に考えを発表してもらうと、
「重りを最初に高く持ち上げると早くなるんじゃないか(=振れ幅)」とか、
「糸の長さを変えたら変わりそう」とか、
「重りが重いほうが早いに決まってる!」とか、
いろいろな意見が出てきます。
まあ、これ以外にも出るのでしょうが、実験の都合上、この3つに集約させて、
いよいよ実験に入ります。

まず、実験に使う振り子の装置を作ります。
用意するものは、タコ糸、重り、スタンド、分度器の拡大コピー、クリップです。

振り子は、タコ糸の先に重りをくっつけて作ります。
重りとしては、ビー玉のほか、ほぼ同じ大きさで重さの違うもの(中が空洞の
プラスチック球、スーパーボールなど)を3段階で用意します。

重りをつるす台には、理科室にある「スタンド」を利用します。
スタンドにクランプで横棒を取り付け、横棒にクリップでタコ糸を留めて振り
子にします(クリップで留めておけば、糸の長さを変えやすいです)。

振れ幅を計るために、分度器を拡大コピーしたものを厚紙に貼り、クリップの
位置にあわせて固定します。
分度器の角度の表示は端からになっているのですが、この実験では垂直下向き
からの角度を測りたいので、角度の表示を書き直しておくとスムーズです。

これで振り子の装置は完成。いよいよ実験です。

班ごとに、「ストップウオッチ係」「角度(をチェックする)係」「重りを持
つ係」「記録係」を決め、チームワークで実験します。
ひとつの条件ごとに、振り子が10往復する時間を、ストップウオッチで計測
し、同じ実験を5回行って平均を取ります(意外と本格的!)。

まずは振れ幅。例えば「15度」と「30度」の2通りで実験します。
この結果は、「変わらない」になるのが正解ですね。

次に、糸の長さ。振れ幅は一定とし、例えば、25センチ、50センチ、
100センチの3通りで実験します。
この結果は、「変わる」(糸が長いほど時間が長くなる)となります。

次に、重りの重さ。糸の長さと振れ幅は一定とし、軽いもの、中間のもの、重
いもので試します。
この結果は、「変わらない」になるのが正解です。

つまり、「振り子が一往復するのにかかる時間は、糸の長さによって変わるが、
重りの重さや振れ幅によっては変わらない」という結果が導かれます。

物理が苦手な方でも、メトロノームや、振り子時計を思い出せば、「ああそう
か」と納得できるのではないでしょうか。
要するに、『振り子の等時性』というやつですね。
子供たちにとっては、ちょっと意外な結果なようです。

この実験の落とし穴としては、

×)タコ糸の先に重りがなかなかくっつかない・・・。
→コツとしては、ビー玉に両面テープを一周巻き、タコ糸をかけてから、ガム
テープで止める、のがよいそうです。

×)理科室のスタンドに問題が・・・
→数が足りない、さびて汚い、ねじや棒がない、など、とにかく状態が悪いこ
とが多いので、あらかじめチェックし、必要に応じて磨いたり修理したりして
おきます。

×)振り子を振る方向が斜めになり、分度器にぶつかる
→まあこれは、何度か練習すればたいてい解決するようです。

×)球状で、大きさがほぼ同じで、重さが適度に違う重りがなかなかない
→何かいいものがありましたら、ぜひ教えてください。
(ネットで調べると、球状にこだわらず、フィルムケース等を使う先生もいら
っしゃるようです)

班のメンバー、それぞれ自分の役割を真剣にこなしつつ、全員振り子の揺れに
合わせて顔が左右に動いてしまうのが、先生から見ているととてもかわいく微
笑ましいとか。
「同じ」と言い切るには正確な計測が不可欠ですが、力を合わせてきれいなデ
ータを出せたら、チームの一体感が生まれて気持ちがいいでしょうね~。

5年理科唯一の力学分野。物理ってあとで苦手になる人が多いだけに、自分の
目で見てしっかり理解しておいて欲しいと思います!

ほとんど同じですが、ブログに図解入りの記事があります。

http://rizo-inc.cocolog-nifty.com/blog/2014/01/post-31d8.html

■ リ ー ゾ か ら の お し ら せ ━━━・・・・・‥‥‥………

○「主婦力」で羽ばたく! -プチ起業・再就職応援講座-
 
つくば市男女共同参画室が毎年開催している再就職活動応援セミナーにて、表
記の講座を担当させていただくことになりました。

日時:平成26年2月3日(月)10時~12時
場所:つくば市役所内 会議室
定員:20名、保育つき(予定)

「主婦力」をキーワードに、再就職したい子育て中の女性の背中を押し、就業
への自信を高める、簡単な自己発見ワークつきの講座になる予定です。
詳細はつくば市のホームページ、広報つくば(1月号)、チラシ等にて。

○実験補助セミナー

12月18日(水)10時半~、つくば市二の宮1丁目「ワンコイン寺子屋」
にて、「主婦力が活きる仕事~私にもできる実験補助~」のセミナーを行いま
した。

次回は1月22日(水)の同じ時間、同じ場所で、微量の液体の扱い方を実習
するセミナーを行います。ピペットマンやマイクロチューブの基本的な扱い方
を学びます。

セミナーの詳細はリーゾのHPをご覧ください。
http://rizo.co.jp/

○朝日新聞(九州)にカタルパ親子鑑定の記事が掲載されました

昨年の春から夏にかけて、ボランティアで取り組ませていただいた、新島襄ゆ
かりのカタルパ(アメリカキササゲ)の親子鑑定の結果とその反響が、新聞に
載りました。

新島襄ゆかりのカタルパの遺伝子が受け継がれている可能性を示すことができ、
徳富記念館の皆様、菱形小学校の子供たちの夢をつなぐことができたこと、心
よりうれしく思っています。

リーゾのブログにご報告記事があります。これまでの経緯もブログをご参照く
ださい。

http://rizo-inc.cocolog-nifty.com/blog/2014/01/post-a481.html

○Facebookでもよろしくお願いします

作っただけで長らくほったらかしだったFacebookでのリーゾオフィシャルサイ
ト、少しずつ投稿を始めています。今のところお米の記事が中心ですが、ブロ
グやすいすい通信と連携しつつ、研究向け製品・サービスの発信もしていく予
定です。「いいね!」、コメント投稿、大歓迎です。どうぞよろしくお願いい
たします。

https://www.facebook.com/suisuirizo

■ 編 集 後 記 ━━━━━━━━━━━━━━・・・・・‥‥‥………

○今回のお正月休みは長かったですね。つくばはお天気にも恵まれ、のんびり
気持ちよく過ごすことができました。元日に家族で映画鑑賞が恒例行事なので
すが、今年は娘が風邪気味でパス。その代わり、DVDを借りてきてリビングの
壁に映写し、プチ映画館を楽しみました。家族全員でソファにおしくらまんじ
ゅうし、毛布を膝にかけてぬくぬくと観る映画もなかなか良いものでした。

○クラウドソーシングの話題、昨日(1月8日)の日経夕刊に取り上げられて
いました。主婦の在宅ワークとしてかなりの人気なようです。ネット経由のサ
ービス提供であっても(というか、だからこそ)、対人間のコミュニケーショ
ンが大事だなあ、ということは依頼してみて実感しました(良いデザインが得
られたのは、デザイナーさんが私のわがままにきめ細かく応えてくれたおかげ
です!)。
とはいえ、働き手としてはリスクもあるとのこと。主婦のアルバイトのつもり
も、事業主としての意識を持って、慎重に利用する必要がありそうです。

○先月号の編集後記の、児童館でのサイエンスショーをお手伝いした話の中で、
「偏光シート」とあったのは「分光シート」の誤りでした。三原色に分かれる
のだからもちろん「分光」ですね・・・。たいへん失礼しました!

 
○最後までお読みいただき、ありがとうございました。
平成26年を迎え初めての「すいすい通信」です。今年もリーゾでは読者の
皆様には賀状を控え、こちらで新年のご挨拶をさせていただきました。本年も
どうぞよろしくお願いいたします。          (も)

/\/\/\/\/\/\/\/\/\/\/\/\/\/\/\/\/\/

すいすい通信は、「株式会社リーゾ」のお客様、および関係者の皆様にお送り
しています。この号は383名様に配信しました。
お知り合いで、「すいすい通信」の配信を承認していただける方がいらっしゃ
いましたら、ぜひご紹介くださいますよう、お願いいたします。

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【すいすい通信】

発 行 日:月1回・第1水曜日(予定)
発行開始日:2011年4月7日

ご意見ご感想、および本メールマガジンの解除はこちらまで
info@rizo.co.jp

【発行元】

株式会社リーゾ
〒305-0005 茨城県つくば市天久保2-9-2-B201
TEL:029-852-9351 FAX:020-4623-5611
MAIL:info*rizo.co.jp
HP:http://www.rizo.co.jp/

※本メールは「MSゴシック」などの等幅フォントで最適に表示されます。

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Copyright(C) Rizo Inc. All rights reserved.

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