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2013年11月14日 (木)

ドライイースト(酵母)からのDNA抽出

先日、お客様から、『ドライイースト』からのDNA抽出のご依頼を受けました。

 

でも、普通のプロトコルでやるのはちょっと悔しい・・・。

リーゾの「すいすいシリーズ」をベースにして、簡単に取れないだろうか?

 

というわけで、試してみたところ、

加工食品用「DNAすいすい-PF」と、

細胞壁分解酵素「Zymolyase(ザイモリアーゼ)」の組み合わせで、

酵母のゲノムDNAが簡単に取れることがわかりました。

以下、ご報告です!

 

まず、ドライイースト数粒(5mgくらい)をチューブに取り、

720μlのDNAすいすい-PFで懸濁します。

Photo

次に、Zymolyaseを加えます。

購入したのは粉末だったので、50mgを滅菌水1mlに溶解し(冷凍保存)、これを80μl加えて混ぜました。

Photo_2

この状態で、37℃のインキュベータに入れます。

時間は長いほどいいわけですが、とりあえず30分で。

Photo_3

30分後の状態です。

・・・振っちゃったのであまり変わってないように見えますが、

振る前は(溶菌状態特有の)ねばーっとした浮遊物が見えてました。

 

あとは、フェノクロで除タンパク処理をして、イソプロパノール沈殿します。

このへんは、通常の「すいすいシリーズ」と同じです。

Photo_5


沈殿が見えてます。

RNase処理をしていないので、かなり大きめです。

 

100μlの水に溶解して、5μlを電気泳動してみました。

Photo_7

 

取れてました~。

下の方に見えるのは、分解しかけのRNAです。

波形も確認。

Photo_8

 

このやり方で、1回に取れた量(RNAを含む計算値)は、約40μgでした。

酵素処理の時間を長くすると、もっとたくさん取れるようです。

(ためしに3日間置いたときには、350μgほど取れました)

 

コストを計算してみました。

DNAすいすい-PF  1本20,000円で125回

 ⇒160円/回

Zymolyase(ナカライ) 1グラム10,000円で250回

 ⇒40円/回

合計 200円/回。

あとは、フェノクロやイソプロ、エタノールなどが要ります。

安いかどうかよくわかりませんが、

とりあえず、「簡単で早い」=すいすいには当てはまりそうです。

 

酵母ゲノム・プラスミド抽出には市販のキットがすでにたくさんありますが、

ご参考になればと思い、ご紹介しました!

 

リーゾのHPはこちらです。

http://rizo.co.jp/

 

 

 

 

 

 

 

 

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