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2012年2月27日 (月)

脂質の多い種子からのDNA抽出(続き)

前回の記事で、

菜花の種、ひまわりの種(中身)、かぼちゃの種(中身)から、

DNAすいすい-Lを使って、DNAを抽出してみました。

 

まずは濃度測定。

菜花の種(10粒からスタート→50μlに溶解)

・核酸濃度:700ng/μl

・260/280比:1.96

ひまわりの種(中身1粒分からスタート→50μlに溶解)

・核酸濃度:657ng/μl

・260/280比:1.92

かぼちゃの種(中身4分の1粒分からスタート→50μlに溶解)

・核酸濃度:202ng/μl

・260/280比:1.85

RNAも含まれる抽出法なので、「核酸濃度」としました。

ちなみに波形は、いずれも260nmにピークがあるきれいな波形でした。

 

次に電気泳動で見てみます。0.8%のアガロースゲルに、10μl分を載せて泳動。

1

左から、菜花、ひまわり、かぼちゃ。

右端は、DNAすいすい-Sで米2粒から抽出したDNAです(参考)。

米に比べると、他の種子では含まれるDNAの量がだいぶ多いことがわかります。

ゲノムDNAは一番上のバンド。

中央あたりのバンドはRNAで、最下段のバンドはおそらく多糖類かと思います。

これで、DNAが取れていることは確認できました。

  

次に、取れたDNAでPCR実験ができるかどうか?を確かめます。

プライマーは、植物なら何でも増える18S用のオリジナルプライマー(214bp増幅)です。

鋳型として、得られたDNA溶液、15倍希釈、225倍希釈を各1μl用いました。

2

どれも増えました!

原液のままだと若干弱いものもありますので、

ある程度薄めて使うのがよいようです。

  

すりつぶすと、ねっとりペースト状になってしまうような脂質の多い種子からでも、

簡単な手順で十分なクオリティのDNAを抽出することができました。

  

開発時点での確認実験では、

落花生やゴマのほか、

(焙煎して塩味をつけた)スナック用のアーモンドやピーナツ、

マカデミアナッツ、カシューナッツ、ジャイアントコーン、

それになんと「ピーナッツバター」からも、

DNAが取れています(取説にデータあり)。

  

発芽させて葉っぱからDNA抽出すれば比較的簡単ですが、

発芽には時間がかかりますし、そもそも発芽しないものもあります。

そういう材料からのDNA抽出が必要なときには、DNAすいすい-Lをお試しください。

・・・ところで、今回の結果を見る限り、プロトコルの工夫でRNAも取れそうな気配です。

いずれ検討してみようと思っています。

こちらもご期待ください。

 

リーゾのHPはこちらです。

http://rizo.co.jp/

  

  

  

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DNAがとれるかな?(Dとれ)プロジェクト」カテゴリの記事

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