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2011年1月の5件の投稿

2011年1月31日 (月)

Dとれプロ⑮土壌と汚泥 その2

Dとれプロ⑮土壌と汚泥 その1 の続きです。

 

試作した「土壌・汚泥用」のDNA抽出バッファーで、DNAを抽出してみました。

土壌は、火山灰の多い人工水田の土(「水田土壌」)と、腐葉土の多い家庭菜園の土(「畑土壌」)、

活性汚泥は、「たれ・からし製造施設廃液処理用(A)」と、「給食製造施設廃液処理用(B)」、

の計4種類です(写真は、畑土壌と活性汚泥Bのものです)。

Photo 土の量はこのくらいです。

Photo_2 活性汚泥はこのくらいです。

プロトコルは、

1.バッファー900μlに、土壌100μl相当分を加え、

(または、バッファー500μlに、活性汚泥500μlを加え、)

ピペットチップの先でたたくようにしてよく混合する。

Photo_4 バッファーにサンプルを加えたところ。

Photo_3 よく叩き混ぜたところ。

2.遠心して上清700μlを別のチューブに移し、フェノクロ300μlを混合する

Photo_5 遠心しました。

Photo_6 移転した上清にフェノクロを加えたところ。

このあと上下に振って、よく混合します。

ここから先は、ほとんど見えないので写真省略です。

3.遠心して上清500μlを別のチューブに移し、イソプロパノール500μlを混合する

4.フリーザーで20分冷やしてから遠心

5.沈殿を70%エタノールでリンス

6.30μlの滅菌水に溶解

以上です。

 

研究者ならわかる、ステップ数の少なさ・・・。

所要時間は遠心、冷却も入れて1時間程度(実働時間20分程度)です。

土壌の場合、サンプルとフェノクロを同時に混ぜるのはどうかなと思い、

上清移転を1ステップ加えてみました。

活性汚泥なら同時処理でOKかもしれません。

 

こんなに簡単で、本当に取れているのでしょうか??

得られたDNAを10μl分、泳動してみました。

2

どれも取れてました!(一番上のバンドがゲノムDNA)

 

次に、DNAをそれぞれ250倍に希釈し、

バクテリア16SrRNA遺伝子用のプライマー(約720bpが増幅)を用いて

PCRをかけてみました。 

1

増えました!

この実験で、DNAが取れて、PCRがかかることが確認できました。

 

オールマイティーな抽出試薬を目指したつもりですが、

実際に全国の様々な土壌を入手するのは難しいため、

ここから先は、お客様にご自分の材料でご確認いただければと思っています。

土壌・環境関係の研究者の方、お試しになってみませんか?

  

info@rizo.co.jp

まで、ご連絡ください。試供品を、お送りします。

 

【謝辞】

活性汚泥は、中山環境エンジ株式会社様より、お分けいただきました。

中山環境エンジ様、貴重なサンプルを、ありがとうございました!

 

「美しい未来を残す」水質浄化のプロフェッショナル、

中山環境エンジ株式会社様のHPはこちらです。

http://www.nakayama-ee.co.jp/

 

 

  

 

 

 

2011年1月28日 (金)

Dとれプロ⑮土壌と汚泥 その1

久しぶりのDとれプロです。

(Dとれプロとは、「DNAすいすいシリーズを使って、こんなものからDNAが取れるかな?プロジェクト」、今回はその15回目です。)

  

今年度、つくば市の「創造的研究開発補助金」対象事業として開発しておりました

「土壌・汚泥用のDNA抽出試薬」 が、

ようやく、ほぼ完成に至りました。

 

正直言って、土壌は手ごわかったです・・・。

そもそも、「土壌」とひとくくりにしていいの?と思うくらい、

腐葉土、火山灰土、砂土、泥、公園土壌、畑土壌、水田土壌・・・と、

土にはいろいろな種類があり、それぞれに性質の違う難しさがありました。

 

そんな中、できるだけオールマイティーに抽出できる試薬となるよう、努力しました。

もちろん、DNAすいすいシリーズの特徴である、

「簡単&短時間&低コスト」

で、取れるということも念頭に置きつつ、です。

簡便さ、DNA収量とも、かなり良いものができたのではないか?と思っております。

  

というわけで、実演です!

 

試作した抽出試薬で、土壌の代表選手といえる2種類の土

①水田土壌(火山灰を多く含む、泥タイプの水稲育苗培土)

②畑土壌(腐葉土を多く含む、家庭菜園用の土)

と、活性汚泥2種類

③からし・たれ工場廃液処理用(活性汚泥A)

④給食施設廃液処理用(活性汚泥B)

を試料として使い、実際にDNA抽出を行いました。

 

その結果は、次回をお楽しみに・・・。

 

【謝辞】

活性汚泥は、中山環境エンジ株式会社様のご好意により、

浄水能力の高い、優秀な活性汚泥を分けていただきました。

中山環境エンジ様、貴重なサンプルを、ありがとうございました!

 

「美しい未来を残す」水質浄化のプロフェッショナル、

中山環境エンジ株式会社様のHPはこちらです。

http://www.nakayama-ee.co.jp/

 

2011年1月25日 (火)

さかなクン様より、おほめいただきました

「クニマス」大発見のニュースで一躍ヒーローになった「さかなクン」、

もちろん皆さんおなじみですよね。

そのさかなクンに「DNAすいすい-F」をご紹介するお手紙を出したところ、

芸術的な手描きのお返事をいただいてしまいました。

ちょっとだけ、お見せしますね!

Photo_2 

さすが、絵がお上手です。

 

「クニマス」同定にDNA鑑定が行われた由、ニュースにあったので、

これからも珍しいお魚のDNA鑑定に役立てていただきたい!との思いを込めて、

さかなクンにお手紙&「DNAすいすい-F」の試供品をお送りしました。

上のFAXは、そのお返事というわけですが、

これが印刷されて出てきたときには、二人で、

「さかなクンだあ~!!」

と絶叫してしまいました・・・。

(注:リーゾは女ふたりで運営しております)

 

体表粘膜からDNAが取れるので、お魚が「痛くない」というところが、この製品の重要なポイントですが、

そこのところを特におほめいただきました。

 

さかなクンの、お魚を思う温かい気持ちが伝わってきます・・・。

ますますさかなクンのファンになってしまいました。

さかなクン、ありがとうございました!

ご活躍を、これからも応援しております。

 

「DNAすいすい-F」のご案内はこちらです。

http://rizo.co.jp/DNA-F.html

(RNA版も、できてます)

http://rizo.co.jp/RNA-F.html

 

 

2011年1月17日 (月)

ご愛用者インタビュー(DNAすいすい-P)

野菜のご研究にDNAすいすい-Pをご利用いただいている、

農研機構野菜茶業研究所 野菜ゲノム研究チーム

福岡浩之様に、インタビューさせていただきました。

 

 

Q:ご研究の目的は何ですか?

 

A:トマト、ナスをはじめ様々な野菜を品種改良するときに、病気に強い、収量が多い、品質がよい、などの性質を持つものを、DNAを調べて簡単に選び出す方法を開発しています。

 

Q:ご研究の中で、「DNAすいすい-P」は、どのように役に立っているのでしょうか?

 

A:調査対象の植物体の葉などからのDNA抽出に使っています。

非常に簡単に、しかも従来の方法に比べて夾雑物の少ないきれいなDNAを抽出できます。

 

Q:ありがとうございます!

野菜を研究されている方は官・民問わずたくさんいらっしゃると思うのですが、

「DNAすいすい-P」をお勧めするとしたら、そのポイントは何でしょうか?

 

A:多くのサンプルを処理する際のサンプル間の品質のぶれが少ないことです。

フェノール・クロロホルムを使わなくても、PCRのテンプレートとして用いるには

必要十分な量および質のDNAが安定に得られます。

それに、ポリフェノールが多く褐変しやすいナス等のサンプルからでも、

非常に安定した品質のDNAが抽出できることもポイントです。

 

 

福岡様、うれしいコメントをありがとうございました!

  

ポリフェノールを多く含む野菜のご研究、育種開発に、

野菜茶業研究所でも活躍中の「DNAすいすい-P」、お勧めです。

 

DNAすいすい-Pのご案内はこちらです。

http://rizo.co.jp/DNA-P.html

 

DNAすいすい-Pを用いた、フェノクロなしでのDNA抽出実演(ブログ記事)はこちらです。

http://rizo-inc.cocolog-nifty.com/blog/2010/06/d-54d2.html

(ナス科)

http://rizo-inc.cocolog-nifty.com/blog/2010/06/d-aa62.html

(マメ科、ウリ科)

 

 

 

2011年1月 5日 (水)

2011年もよろしくお願いします

明けましておめでとうございます!

 

本日1月5日より、本年の営業を開始いたしました。

大雪でたいへんだったところが多い中、

関東地方は申し訳ないくらい晴天続きの年末年始でした・・・。

 

リーゾのお客様である研究者の皆様、代理店さん、株主様、経営者仲間のみなさん、

それに温かく見守ってくれている友人諸氏、

旧年中はたいへんお世話になりました!

今年もこつこつがんばりますので、どうぞよろしくお願い致します。

 

SLOW、SMALL、BUT STEADY.

リーゾは今年も、こんなふうに成長していきたいと願っております。

 

リーゾのHPはこちらです。

http://www.rizo.co.jp/

 

 

 

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