Dとれプロ⑮土壌と汚泥 その２

Dとれプロ⑮土壌と汚泥　その１　の続きです。

試作した「土壌・汚泥用」のDNA抽出バッファーで、DNAを抽出してみました。

土壌は、火山灰の多い人工水田の土（「水田土壌」）と、腐葉土の多い家庭菜園の土（「畑土壌」）、

活性汚泥は、「たれ・からし製造施設廃液処理用（A）」と、「給食製造施設廃液処理用（B）」、

の計4種類です（写真は、畑土壌と活性汚泥Bのものです）。

土の量はこのくらいです。

活性汚泥はこのくらいです。

プロトコルは、

１．バッファー900μｌに、土壌100μｌ相当分を加え、

（または、バッファー500μｌに、活性汚泥500μlを加え、）

ピペットチップの先でたたくようにしてよく混合する。

バッファーにサンプルを加えたところ。

よく叩き混ぜたところ。

２．遠心して上清700μｌを別のチューブに移し、フェノクロ300μｌを混合する

遠心しました。

移転した上清にフェノクロを加えたところ。

このあと上下に振って、よく混合します。

ここから先は、ほとんど見えないので写真省略です。

３．遠心して上清500μlを別のチューブに移し、イソプロパノール500μlを混合する

４．フリーザーで20分冷やしてから遠心

５．沈殿を７０％エタノールでリンス

６．30μlの滅菌水に溶解

以上です。

研究者ならわかる、ステップ数の少なさ・・・。

所要時間は遠心、冷却も入れて1時間程度（実働時間20分程度）です。

土壌の場合、サンプルとフェノクロを同時に混ぜるのはどうかなと思い、

上清移転を1ステップ加えてみました。

活性汚泥なら同時処理でOKかもしれません。

こんなに簡単で、本当に取れているのでしょうか？？

得られたDNAを10μｌ分、泳動してみました。

どれも取れてました！（一番上のバンドがゲノムDNA）

次に、DNAをそれぞれ250倍に希釈し、

バクテリア16SrRNA遺伝子用のプライマー（約720bpが増幅）を用いて

PCRをかけてみました。　

増えました！

この実験で、DNAが取れて、PCRがかかることが確認できました。

オールマイティーな抽出試薬を目指したつもりですが、

実際に全国の様々な土壌を入手するのは難しいため、

ここから先は、お客様にご自分の材料でご確認いただければと思っています。

土壌・環境関係の研究者の方、お試しになってみませんか？

info@rizo.co.jp

まで、ご連絡ください。試供品を、お送りします。

【謝辞】

活性汚泥は、中山環境エンジ株式会社様より、お分けいただきました。

中山環境エンジ様、貴重なサンプルを、ありがとうございました！

「美しい未来を残す」水質浄化のプロフェッショナル、

中山環境エンジ株式会社様のHPはこちらです。

http://www.nakayama-ee.co.jp/