Dとれプロ⑨金魚からのDNA抽出

DNAすいすいシリーズでこんなものからDNAが取れるかな？プロジェクト、

略して「Dとれ」プロ第9弾、「金魚」です。

ずっと前からさんちゃんに協力してもらうつもりでしたが、

このたび本人の快諾が得られましたので（＊）、ついに挑戦します。

（＊：推定です。）

まずは体表粘液。綿棒でそっとこすります。

魚体を痛めずにすむので、これでDNAが取れれば一番です。

体表粘液だけでは不安なので、ハラビレもちょっとだけもらいました。

ほんとうにほんのちょっと、湿重で1㎎程度です。

ちなみにハラビレをカットしても血はでませんし、

もちろん再生しますのでご安心を・・・。

さんちゃんには水槽にお帰りいただいて、DNA抽出に進みます。

バッファーは、「これでいけるのでは？」という組成で2種類、調製してみました。

それぞれ、「綿棒（粘液）」「ヒレ」の入ったチューブに400μl注ぎ、

60℃で15分保温します。

保温後のヒレはこんな感じです。

綿棒の方は、見た目は変わりません。

タンパク質の除去のため、フェノール・クロロホルムを150μl加えて混合し、

遠心します（綿棒は入ったままで行いました）。

上清200μlをイソプロ沈してリンス。

沈殿を50μlの滅菌水に溶解しました。

ここでPCRですが、金魚なので、金魚（淡水魚全般）の18SリボゾーマルRNA遺伝子上に

設計・合成した特製プライマーを使いました。

その結果・・・

増えました！

特に体表粘液の方は、100倍希釈して1μlでも十分なので、

PCR5000回分以上取れていることになります。

体表なので、バクテリアなどのDNAも共存しているはずですが、

とりあえず淡水魚のDNAが大部分を占めていると推定できます。

抽出されたDNA量を吸光値より計算したところ、

・体表粘液は8～10μg

・ヒレは3～8μg

のDNAが得られていることがわかりました。

ゲノムの電気泳動でも、かなり分子量の大きいDNAが取れていることが確認できました。

魚類の体表粘液・組織からの簡便なDNA抽出バッファーとして、

商品化準備中です。

⇒商品化しました！

「DNAすいすい-F」のご案内はこちらです。

http://members3.jcom.home.ne.jp/rizo.inc/DNA-suisui-F.html　

体表粘膜に寄生・感染した病原菌の同定などにも使えそうですので、

そちらの方も別途、検討する予定です。

【蛇足】

「オフィスで孵化した稚魚の親は誰？」その後の情報ですが、

１．しっぽがミューズより大きくひらひらしている

２．しっぽが黒い（ものがいる）

というわけで、おそらく母親はさんちゃんと思われます。

９匹に減りましたが、すでに「金魚」といえる体型に成長しました。

今後が楽しみです！

リーゾのHPはこちらです。

http://members3.jcom.home.ne.jp/rizo.inc/