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2010年2月12日 (金)

Dとれプロ③パパイヤとバナナ

「DNAすいすいシリーズで、こんなものからDNAがとれるかな?」プロジェクト、

略して「Dとれ」プロ、第3弾「パパイアとバナナ」編です。
 
Photo_4 パパイヤです。

Photo_5 バナナです。

バナナは食べる部分(果肉)と、皮とがあるので、別々に約50mgをサンプリング。

パパイアも食べる部分(果肉)と、果肉もくっついてきてしまいますが皮の部分に分け、

同じく約50mgをサンプリングしました。

 

試薬の方は、

「澱粉や糖の多い植物組織向け」の「DNAすいすい-S」と、

「ポリフェノールの多い植物組織向け」の「DNAすいすい-P」を

両方試してみます。

 

プロトコールはいつもと同様に、

400μl(Pは360μl+添加剤40μl)のバッファー中でつぶし、

100μlのフェノクロを加えて混合後、遠心。

200μlの上清をとり、等量のイソプロと混合して再度遠心。

沈殿を70%エタノールでリンスして完了です。
 

 
20μlの水に溶解し、3μlを泳動してみました。

すると・・・

Photo_6
なんと、パパイヤの果肉と皮からは、RNAがたっぷり取れていました。

RNaseノーマークの抽出・泳動だったので意表を突かれました・・・。

パパイヤにはRNase阻害物質が含まれているのかもしれないですね。

それはそれで面白いですが、気を取り直して先に進みます。

バナナは、この泳動では、Sの方でうっすらゲノムらしきものが見えています。

 

次に、おなじみとなりました、植物なら何でも増える18S用プライマー(リーゾオリジナル)で

PCRをかけてみました。

 

とりあえず10倍希釈1μlを鋳型として、40サイクルの反応です。

泳動してみますと、このようになりました。 

 
Pcr
<結果>

・パパイヤの果肉はS、PともOK

・パパイヤの皮はPのみOK

・バナナの果肉、皮はSのみOK

 

希釈倍率を上げて再度PCRをしてみたところ、

パパイヤの皮(S)、バナナの皮(P)も増幅しました。

(データは省略させていただきます!)

 

結論として、

・パパイヤは皮、果肉とも、SでもPでもOK

・バナナは、皮ならPでもいけますが、Sがお勧め

ということになりました。

 

なお、バナナ果肉は「RNAすいすい-S」でRNAが取れることを確認済みです。

パパイヤは「RNAすいすい」を試していませんが、

今回の結果を見る限り「RNAすいすい-S」で問題なく抽出できそうです。

 

パパイヤなんて滅多に買わないので、よい機会と思い使ってみましたが、

生の果物はDNA抽出できて当然といえば当然ですね・・・。

次回は、もう少し難しい材料にトライしてみます。

  

今回使いました、「DNAすいすい-S」「DNAすいすい-P」のご案内はこちらです。
http://rizo.co.jp/DNA-S.html

http://rizo.co.jp/DNA-P.html

 

 

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