すにっぷすいすい・・・ふたたび
ゲノムDNA塩基配列上にわずかに存在する塩基種の違いを
手軽に判定できるPCRマーカー(DNAマーカー)に変換するサービス
「すにっぷすいすい」について改めてご紹介します。
「すにっぷ」とはSNPs(single nucleotide polymorphisms)、
日本語で言えば「一塩基多型」です。
SNPsのタイピングは意外とやっかい。
高額機器が必要だったり、委託をするとべらぼうな金額を取られたり。
機械があっても、マーカー化には設計・合成などの手間がかかりますし、
ランニングコストも高額なことが多いのです。
そこで登場するのがこのサービスです。
①お客様から、「どこにSNPがあるか?」という情報と、
鋳型となるDNAを提供していただき、
②SNP部分の塩基種(だいたい二者択一)のどちらかのみが増幅するように
マーカーを設計し、
③特異性を実験で確かめる(グラジエントPCRで最適な条件を探す)、
という作業を行います。
OKなら、設計したマーカーをお客様にお届けして、ご研究に使っていただきます。
設計だけでなく、PCR条件検討まで行うのがポイントです。
ちなみにOKですと、グラジエントPCRの泳動像はこのようになります。
各ウェルには一つおきに1つ目、2つ目のアレルを持つDNAを
鋳型として使用したPCR産物をロード。アニーリング温度は右に行くほど高い。)
このようにして作成したPCRマーカーなら、
① 初期投資不要(PCRと電気泳動はどこのラボにもあります)、
② ランニングコストも極めて安く(1U=10円のTaqでOK)、
③ 機動力のあるタイピングができる、
と3拍子そろったSNPタイピングが可能になります。
さらに、お客様とのやりとりのなかで、
・ 酷似した遺伝子を個別に発現解析するプライマーはできないか?
・ 「3つ以上のアレルの識別」はできないか?
・ マルチプレックス化(共優性マーカー化)はできないか?
・ 形質転換体のホモへテロ判定はできないか?
・ CAPSをより使いやすく改造できないか?
・ SNPを含むDNA多型を探すところからできないか?
・・・といったご要望があり、全てお応えしてきております。
生物種も、イネはもちろんのこと、果樹、昆虫、家畜、マウス・・・と
多岐にわたっています。
ゲノム解析が終わっていてもいなくても、SNPsは使えるのです。
ここで一句。
「SNPs(すにっぷす)、使いこなせば百人力。」
もっともっと、自由自在に活用していただきたいと思っています。
ご要望は遠慮なく、ご相談ください。
(大概のことはお引受けできると思います!)
くどいようですが、すにっぷすいすい、
アルファベット表記では SNPs-ici! です。
iciはフランス語で「ここ」。
「ここにあるSNPを」「ここ(お客様のラボ)で」タイピングできる、
という意味を込めています。
すにっぷすいすい、どうぞよろしくお願いします!
ご依頼の際は、直接リーゾへご連絡ください。
(代理店経由のご契約も可能ですが、学術的なやり取りは研究者さまと直接させていただきます。)
すにっぷすいすいのご案内はこちらにもございます↓
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