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2009年10月30日 (金)

すにっぷすいすい・・・ふたたび

ゲノムDNA塩基配列上にわずかに存在する塩基種の違いを
手軽に判定できるPCRマーカー(DNAマーカー)に変換するサービス
「すにっぷすいすい」について改めてご紹介します。

  

「すにっぷ」とはSNPs(single nucleotide polymorphisms)、

日本語で言えば「一塩基多型」です。

  

SNPsのタイピングは意外とやっかい。

高額機器が必要だったり、委託をするとべらぼうな金額を取られたり。

機械があっても、マーカー化には設計・合成などの手間がかかりますし、

ランニングコストも高額なことが多いのです。

  

そこで登場するのがこのサービスです。

①お客様から、「どこにSNPがあるか?」という情報と、

鋳型となるDNAを提供していただき、

②SNP部分の塩基種(だいたい二者択一)のどちらかのみが増幅するように

マーカーを設計し、

③特異性を実験で確かめる(グラジエントPCRで最適な条件を探す)、

という作業を行います。

  

OKなら、設計したマーカーをお客様にお届けして、ご研究に使っていただきます。

設計だけでなく、PCR条件検討まで行うのがポイントです。

  

ちなみにOKですと、グラジエントPCRの泳動像はこのようになります。

Photo_3 (上段が2つ目、下段が1つ目のアレル用プライマーを使用。

各ウェルには一つおきに1つ目、2つ目のアレルを持つDNAを

鋳型として使用したPCR産物をロード。アニーリング温度は右に行くほど高い。)

  

このようにして作成したPCRマーカーなら、

①    初期投資不要(PCRと電気泳動はどこのラボにもあります)、

②    ランニングコストも極めて安く(1U=10円のTaqでOK)、

③    機動力のあるタイピングができる、

と3拍子そろったSNPタイピングが可能になります。

  

さらに、お客様とのやりとりのなかで、

・        酷似した遺伝子を個別に発現解析するプライマーはできないか?

・       「3つ以上のアレルの識別」はできないか?

・        マルチプレックス化(共優性マーカー化)はできないか?

・        形質転換体のホモへテロ判定はできないか?

・        CAPSをより使いやすく改造できないか?

・        SNPを含むDNA多型を探すところからできないか?

・・・といったご要望があり、全てお応えしてきております。

 

生物種も、イネはもちろんのこと、果樹、昆虫、家畜、マウス・・・と

多岐にわたっています。

ゲノム解析が終わっていてもいなくても、SNPsは使えるのです。

 

ここで一句。

「SNPs(すにっぷす)、使いこなせば百人力。」

  

もっともっと、自由自在に活用していただきたいと思っています。

ご要望は遠慮なく、ご相談ください。

(大概のことはお引受けできると思います!)

  

くどいようですが、すにっぷすいすい、

アルファベット表記では SNPs-ici! です。

iciはフランス語で「ここ」。

ここにあるSNPを」「ここ(お客様のラボ)で」タイピングできる、

という意味を込めています。

すにっぷすいすい、どうぞよろしくお願いします!

  

ご依頼の際は、直接リーゾへご連絡ください。

(代理店経由のご契約も可能ですが、学術的なやり取りは研究者さまと直接させていただきます。)

  

すにっぷすいすいのご案内はこちらにもございます↓

http://rizo.co.jp/SNPs-ici.html

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